1653年，荷蘭人進入台灣南部時建造了當時稱為「普羅民遮城」的建築物。它與安平的「熱蘭遮城」相對應，相互作為要塞起著功能。熱蘭遮城是荷蘭總督的政治和行政中心，而普羅民遮城則是行政和商業中心。
普羅民遮城的建築由三個略呈四方形的基座組成，每個基座上都建有西方風格的建築。城牆採用牡蠣殼灰與糖水或糯米汁混合的接合材料，主要建材為紅磚，牆壁堅固如岩石，經過300多年的歲月洗禮，仍可見厚實的牆壁和拱門的遺跡。
經過300多年的風雨洗禮，現今的赤崁樓以其突出的屋頂、紅瓦和莊嚴的建築為特色。在歷史的變遷中，這座建築物曾是荷蘭時代的西式要塞，清代的中國風建築，日本統治時期的陸軍醫院，現在則作為歷史博物館保存著。它在夕陽西下的海邊，靜靜地見證著歷史的變遷。
1983年，被內政部指定為國家一級歷史建築物。
赤崁樓的沿革
1625年：荷蘭人以15匹布購置了赤崁周邊的土地，並設立商館、市場、倉庫和醫院，並賦予了「普羅民遮」的名字。
1653年：受郭懷一抗荷事件影響，荷蘭人在赤崁建造了要塞，並用作商業和行政中心。荷蘭人稱之為「普羅民遮城」，通稱為「紅毛城」或「番仔樓」，後改名為「赤崁樓」。
1862年：臺灣中南部地震導致赤崁樓的大部分建築倒塌。
1875年：沈葆楨抵達臺灣，為了祈求平安航行，上奏在赤崁樓遺址建造海神廟，但未能完成。
1886年：臺灣知事沈受謙為促進文教事業，在赤崁樓西側建立了「蓬壺書院」，並在城牆遺址上建造了「五子祠」（祭祀朱熹、程顥、程頤、張載、周敦頤）、「文昌閣」，並重建了海神廟。
1895年：日本統治時代開始，赤崁樓被用作「陸軍衛戍醫院」。
1944年：日本人整修了赤崁樓的荷蘭要塞遺址，拆除了大士殿，並修復了海神廟、文昌閣、蓬壺書院的入口。
1960年：原大南門城的御贔屭碑被移至赤崁樓基座南側。
1965年：赤崁樓進行了修復，將海神廟和文昌閣的木構結構改建為鋼筋混凝土，但保留了木柱和樑的風格。此外，文昌閣的入口從赤崁街移到了民族路。
南廠保安宮的「龜怪」
清乾隆53年，林爽文之亂平定後，高宗頒布詔書，要在臺灣府和嘉義縣設立紀念福康安的祠堂。當時，嘉義縣的祠堂上有一塊乾隆皇帝的詩碑和一隻石龜，後來從福建運來臺江南廠港登陸，但在卸貨時，石龜不慎掉入河底。這隻巨大的烏龜重達千斤以上，當時缺乏起重設備，無法將其吊起。隨後，臺江河淤積，這個地方被用作魚塘，沉沒的烏龜位於今天臺南高賓特殊酒家西側。
民國11年，日本人將市內的妓院遷至新町集中，並填海造地作為建設用地。石龜被吊起並陳列在保安宮前，龜頭朝東。後來，有傳言稱龜背上有溝，其中積水可以治療各種疾病，被認為具有神奇的靈驗。因此，虔誠的男女開始崇拜石龜，用手塗抹水到龜背上治療眼疾，或者將水裝入瓶中給病人持用。不久，附近的男女也開始前來參拜。當時的臺南州府認為這是迷信，命令警察將石龜移到廟宇的東側，但後來由於警察等頻繁患病，被警告石龜具有靈驗，因此又被移回廟外。解放後，再次移至廟後殿，目前，這隻石龜不再表現出奇怪的現象。
此外，嘉義福康安生祠的原石龜沉入臺南後，由臺灣的岩石補刻的石龜被製作出來，這個碑文和補刻的石龜現在展覽在嘉義的公園裡。
保安宮位於海安路和保安路交彙處。也許您對附近著名的美食有著深刻的印象，但下次在品嘗美食後，不妨多走一會兒，去保安宮尋找赤崁樓上缺少的石龜。